Đến khi vua Thiệu Trị vừa lên nối ngôi, các quan quân nhà Nguyễn làm nhiệm vụ bảo hộ bên Trấn Tây thành đang bị người bản xứ chống đối mãnh mẽ (vì áp bức và quan liêu[6]), và trong nước thì loạn lạc xảy ra ở nhiều nơi; một số cư dân ở vùng Hà Âm-Hà Dương và vùng núi Thất Sơn, mà phần lớn thuộc tộc người Khmer, đã dựa vào sự hỗ trợ của quân Xiêm và quân Chân Lạp mà rầm rộ nổi dậy.

Đề cập đến nhiều cuộc nổi dậy ở Nam Bộ lúc bấy giờ (trong số đó có những cuộc nổi dậy ở Hà Tiên), nhà văn Sơn Nam đã chỉ ra một số nguyên nhân sau:

Vua Minh Mạng mất, để lại gánh nặng ở phía biên giới Việt-Miên. Loạn lạc đã phát khởi ngay từ khi cuộc chinh phạt của tướng Trương Minh Giảng đang diễn ra tại phía Biển Hồ, tuy rằng về hình thức là dẹp xong nhưng mầm mống còn đó. Người Miên cư ngụ trên lãnh thổ Việt Nam dường như sẵn sàng hưởng ứng, chống đối quan lại địa phương khi ở Cao Miên phong trào lên cao. Quân Xiêm lại khéo phao tin tuyên truyền. Người Cao Miên lúc bấy giờ ở Nam Kỳ lại bực dọc với chính sách "nhứt thị đồng nhơn" của vua Minh Mạng, bắt buộc họ phải lấy tên, lấy họ như người Việt để đồng hóa. Lại còn chủ trương cải cách tổ chức nông thôn cổ truyền của sóc Miên khiến họ mất quyền tự trị.[7].